南开大学组合数学中心以国家“应用数学”重点学科、教育部“核心数学与组合数学”重点实验室和天津市“组合数学”重点实验室为依托，形成了“组合数学”、“图论与组合最优化”、“组合数论”、“计算生物学”、“概率组合论”、“金融数据分析”六个在国内外有影响的研究方向，在组合计数、组合恒等式及其机器证明、q-级数、对称函数、组合数论，代数组合学、图论及其应用、组合最优化、生物信息学、概率组合论、金融数学与金融工程等领域开展科学研究和研究生培养工作。

组合数学中心采取开放、流动的运行机制，每年邀请各个方向的多位国际知名专家、学者到组合数学中心访问讲学，包括多位美国科学院院士、中国科学院院士，国际数学家大会一小时及45分钟报告人等，同时也派出科研人员参加国际会议及出国访问。在每个方向的发展上，都有带头人及相应的科研课题组。现在组合数学中心在已有方向上已做出一系列有影响的结果，已有三百余篇学术论文在国际高质量杂志上发表，发表的论文均得到了国际同行专家的认可和高度评价。组合数学中心已发展成为具有国际影响的研究中心。

本着“注重交叉、紧跟前沿、教学与科研相结合”的原则，利用雄厚的理论研究实力和坚实的高科技开发队伍，南开大学组合数学中心已经成为理论与应用紧密结合的、具有国际竞争实力的研究中心。